Dr. Matija Jan se v svojem raziskovalnem delu ukvarja z zgodovino filozofije novega veka, s poudarkom na filozofiji Renéja Descartesa. Za njegovo delo je značilno združevanje zgodovinskega pristopa, ki obravnavane ideje in koncepte umešča v kontekst predhodnih in sočasnih miselnih tradicij, ter sinhronega pristopa k obravnavi istih idej in konceptov, ki pokaže, kako se iz slednjih kljub njihovim različnim izvorom nazadnje oblikujejo avtonomni in notranje bolj ali manj konsistentni miselni sistemi.

V preteklosti se je na ta način posvečal predvsem Descartesovi teoriji idej, v zvezi s katero je pokazal, da ta svoja konceptualna orodja v veliki meri črpa iz pozne jezuitske sholastike. Nato je prek obravnave treh glavnih problemov teorije idej – njihove narave, jasnosti in razločnosti ter izvora – pokazal, da Descartesova teorija idej tvori notranje konsistenten sistem. Če se je v preteklosti ukvarjal predvsem z miselnim polom Descartesove dualistične filozofije, se trenutno posveča njenemu drugemu polu, tj. njegovi fiziološki teoriji. V okviru podoktorskega projekta Filozofija spoznavnih moči v Descartesovi filozofiji narave ga posebej zanima fiziološka teorija tistih telesnih procesov, ki po Descartesu tvorijo materialne pogoje možnosti oblik mišljenja, kot sta čutenje in predstavljanje.